A hagyomány szerint a virágvasárnapi szertartás a Szent Péter tér közepén található obeliszktől kezdődne. Az egyházfő, bíborosok és püspökök az utóbbi években innen vonultak a bazilika előtti szabadtéri oltárig, kezükben megáldott olajfaágakat és fonott pálmaleveleket tartva. Jézus jeruzsálemi bevonulását idézve keresztülhaladtak a hívőkkel teli Szent Péter téren.
Ezúttal azonban a március 11. óta lezárt tér helyett a virágvasárnapi szertartás helyszíne a Szent Péter-bazilika lesz. Ferenc pápa az úgynevezett Katedra-oltárnál mutatja be a misét, a bazilikának a baldachinos főoltár mögötti szentélyében. A mise a hívők előtt szintén lezárt bazilika "szívében", korlátolt térben zajlik, és ugyanitt elevenedik fel a jeruzsálemi bevonulás is, amely a megszokott hosszú és népes körmenet helyett rövid lesz és magányos.
Az oltár két oldalára egy-egy olajfát állítottak. Az oltárnál helyezik el azt a Szűz Mária-ikont, amelyet a római Santa Maria Maggiore-bazilikában őriznek; a latinul úgynevezett Salus Populi Romaniról van szó, vagyis a római népet oltalmazó bizánci ikonról. Mellette áll majd a római San Marcello al Corso templomban őrzött csodatevő feszület, amelyet 1522-ben vittek körbe a városban, az akkori pestisjárvány idején. Ebbe a két templomba ment el imádkozni Ferenc pápa március 15-én, amikor lencsevégre kapták az új koronavírus-fertőzés miatt megüresedett római utcákon sétáló egyházfőt. A Szűz Mária-kép és a feszület a Vatikánba március 27-én került át, amikor Ferenc pápa a teljesen üres Szent Péter téren rendkívüli imát tartott a Covid-19 fertőzés sújtotta világért. Ferenc pápa Róma városára és a világra Urbi et Orbi áldását is adta.
A virágvasárnapi mise az első, amelyet az óvintézkedések bevezetése óta Ferenc pápa a bazilikában mutat be. A szertartást úgy igyekeztek megszervezni, hogy a lehető legkevesebben legyenek a pápa közelében. Az általában különböző nyelveken elhangzó fohászokat is ugyanaz a személy és csak olaszul mondja el. A Vatikántól közöltek szerint az egyházért, a kormányzókért és népekért, a bűnösökért és hitetlenkedőkért, az üldözött keresztényekért, valamint a fiatalokért fognak imádkozni, azért, hogy erőt találjanak a talpra álláshoz.
A 11 órakor (magyar idő szerint) kezdődő mise után Ferenc pápa délben úrangyala imádságot mond.
A járvány módosította a nagyhét többi szertartását is: nagycsütörtökön elmarad a lábmosás, amelyet Ferenc pápa megválasztása óta gyakran börtönben, kórházban tartott meg. A nagypéntek esti keresztút állomásait pedig a Colosseum helyett a Szent Péter-bazilikában járják majd végig.
Vatikánvárosban eddig hat fertőzöttet diagnosztizáltak, köztük van a pápa egyik közeli munkatársa. Ferenc pápát kétszer tesztelték, mindkétszer negatívnak bizonyult. A pápai állam területén is korlátozták a kijárást, a 83 éves egyházfőt a vatikáni lakhelyeként ismert Szent Márta-házban majdnem teljesen elszigetelték, az általa bemutatott reggeli miséket és beszédeit interneten egyenesben sugározzák. Hasonlóképpen a virágvasárnapi mise is interneten lesz követhető.